Ono što razlikuje Europsku uniju od drugih tradicionalnih medunarodnih organizacija je njezina jedinstvena institucionalna struktura. Zemlje koje su prihvatile europske ugovore potvrdile su svoju spremnost da dio svojih suverenih prava ustupe neovisnim institucijama koje istodobno predstavljaju nacionalne interese, kao i interese Unije. Te institucije medusobno su povezane odnosima komplementarnosti temeljem kojih se donose odluke.
2.1. VIJECE MINISTARA ( the Council of the European Union ). Ono okuplja ministre vanjskih poslova 15 zemalja clanica, ciji sastav ovisi o temi o kojoj se raspravlja temeljem dnevnog reda (npr.: vijece ministara vanjskih poslova, poljoprivrede, ekonomije, prometa, okoliša itd.).
2.2. EUROPSKO VIJECE (European Council) - (razlikuje se od Vijeca Europe - Council of Europe) proizišlo je iz prakse uvedene 1974. godine, da se celnici država ili vlada i njihovi ministri redovito sastaju na zajednickim zasjedanjima. Ova je praksa ugovorom fiksirana 1987. godine Jedinstvenim europskim aktom. Od tada se Vijece sastaje najmanje dva puta godišnje, zajedno s predsjednikom Komisije Europske unije, koji je ravnopravan clan Vijeca s pravom glasa. Predsjednik Europskog parlamenta obraca se sudionicima svakog zasjedanja Europskog vijeca. U prvo vrijeme, zamisao je bila da se formaliziraju zasjedanja na vrhu koja su se povremeno održavala od 1961. a na inicijativu jedne od država clanica.
2.3 EUROPSKI PARLAMENT (European Parliament) je tijelo demokratskog izraza i politickog nadzora, koje sudjeluje u donošenju zakonskih odredbi unutar Unije. Europski parlament ima 626 poslanika koje od 1979. godine neposredno biraju gradani država clanica Unije na razdoblje od pet godina. Njemacka ima 99 mjesta, Francuska, Italija i Velika Britanija svaka po 87 mjesta, Španjolska 64, Nizozemska 31, Belgija, Grcka i Portugal 25 svaka, Švedska 22, Austrija 21, Danska i Finska svaka po 16, Irska 15 i Luxembourg 6. S obzirom na buduce proširenje Europske unije primanjem novih zemalja clanica, Ugovor iz Amsterdama ogranicio je broj zastupnickih mjesta na 700. Plenarna zasjedanja održavaju se u Strassbourgu. Rad plenarnih zasjedanja koje priprema 20 komisija odvija se u Bruxellesu, kao i zasjedanja klubova stranaka. Sjedište tajništva Parlamenta je u Luxembourgu.
• Ugovorom iz Maastricthta proširene su legislativne nadležnosti Parlamenta jer mu omogucuju sudjelovanje u odlukama Vijeca u tocno odredenim podrucjima: slobodno kretanje zaposlenih, javno zdravstvo, sloboda pružanja usluga, unutarnje tržište, obrazovanje, znanstveno istraživanje, okoliš, transeuropske prometne mreže, kultura, zaštita potrošaca.
• Ugovor iz Amsterdama je proširio legislativne nadležnosti Parlamenta jer mu omogucuje sudjelovanje u odlukama koje donosi Vijece u posve novim podrucjima kao što su javno zdravstvo, politika transporta, slobodno kretanje gradana, odredene odredbe socijalne politike i politike zapošljavanja.
Parlament sa Vijecem dijeli i ovlaštenja prema proracunu jer prihvaca proracun Zajednice. Parlament može i ne prihvatiti proracun, što se vec više puta dogodilo. U tom slucaju treba iznova zapoceti cijeli postupak donošenja proracuna.
2.4 EUROPSKA KOMISIJA (European Commission) je jedno od kljucnih tijela institucionalnog sustava Unije. Komisija je sljednica Komisije EZ nastale 1. srpnja 1967. godine temeljem Ugovora o spajanju Visokog ureda Europske zajednice za ugljen i celik, Komisije Europske ekonomske zajednice i Euratoma. Od 5. sijecnja 1995. godine Komisija ima 20 clanova (dva clana za Francusku, 2 za Njemacku, 2 za Veliku Britaniju, 2 za Italiju i 2 za Španjolsku, i po jednog clana iz ostalih zemalja). Clanove Komisije imenuju sporazumno vlade država clanica na pet godina. Komisiju potvrduje Parlament. Prema Ugovoru iz Amsterdama, predsjednika Komisije sporazumno imenuju vlade država clanica, a Europski parlament ga potvrduje. Potom vlade država clanica, zajedno sa imenovanim predsjednikom, imenuju ostale clanove Komisije. Cjelokupni sastav Komisije se konacno predaje na odobrenje Parlamentu.
Europska komisija je pri izvršenju svojih obveza u velikoj mjeri neovisna. Ona zastupa iskljucivo interese Unije i ne smije primati naredbe od strane niti jedne vlade države clanice. Kao svojevrsni »cuvar ugovora«, Komisija nadzire korektnu provedbu naredbi i direktiva Vijeca i može se obratiti Sudu ako drži da neka od država clanica ne ispunjava svoje obveze prema Uniji. Buduci da Komisija ima pravo na zakonsku inicijativu, ona u svako doba može poduzeti korake da bi olakšala postizanje sporazuma izmedu Vijeca i Parlamenta. Kao upravni organ, Komisija provodi odluke Vijeca, na primjer na podrucju agrarne politike. Komisija ima dalekosežna ovlaštenja pri provodenju zajednickih politika, jer je nadležna za njihove proracune: za istraživanje i tehnologiju, pomoc zemljama u razvoju, regionalno povezivanje itd.
Komisija je dužna podnijeti kolektivnu ostavku ako joj Europski parlament izglasa nepovjerenje kvalificiranom vecinom glasova (nepovjerenje dosad nije nikada izglasano).
2.5 SUD PRAVDE EUROPSKE UNIJE (The Court of Justice of the European Communities) ima sjedište u Luxembourgu i sastoji se od 15 sudaca i 9 glavnih odvjetnika koje sporazumno imenuju države clanice na 6 godina. Oni se odabiru medu kandidatima cija je nepristranost zajamcena. Uloga Suda je da osigura poštivanje zakona u tumacenju i provedbi Ugovora.
Tako Sud može ustanoviti da je jedna od država clanica propustila djelovati u skladu s nekom od obveza preuzetim potpisivanjem Ugovora
Sudu u njegovom radu pomaže sud prvog stupnja.
2.5.1. SUD PRVOG STUPNJA (The Court of First Instance) uspostavljen 1987. godine. Sud ima 15 sudaca, a nadležan je za pritužbe uložene Sudu pravde po zakonskim pitanjima, za parnice koje pravne ili fizicke osobe ulažu protiv Komisije Europske Unije, kao i izmedu institucija Unije i njihovih službenika protiv Komisije.
2.5.2. ODBOR REVIZORA (The Court of Auditors) osnovan je 22. srpnja 1975. godine ugovorom o promjeni odredenih financijskih propisa. Sastoji se od dvanaest clanova koje sporazumno imenuju vlade država clanica na šest godina, a nakon savjetovanja sa Parlamentom. Odbor provjerava ispravnost i urednost prihoda i rashoda Unije, kao i ispravnost upravljanja sredstvima. Na kraju svake godine rad Odbora sažima se u godišnje izviješce. Ugovorom iz Maastrichta, Odbor revizora dobio je status institucije Europske unije, jer je uvršten kao njezino 5. tijelo.
2.5.3. ODBOR ZA EKONOMSKA I SOCIJALNA PITANJA (the Economic and Social Committee) pomaže radu Vijeca i Komisije na podrucju gospodarstva i atomske energije. Ovaj odbor ima 222 clana koji zastupaju razlicite interesne zajednice ekonomskog i socijalnog života. Prije no što se donese neka odluka o velikom broju pitanja (zaposlenje, Europski socijalni fond, profesionalna izobrazba), mora se pribaviti mišljenje Odbora. Odbor i na vlastitu inicijativu može izraziti svoje stajalište.
